A Diretiva 1 /2021 da PGR determina o seguinte, em matéria de ilícitos ambientais e contra o ordenamento do território:

«P) Crime de incêndio florestal e crimes contra o ambiente e o tráfico de espécies protegidas

i. Nas prioridades de investigação definidas pela alínea p) do artigo 5.º da Lei 55/2020, de 27 de agosto, devem ser considerados, designadamente:

• Os ilícitos relativos a poluição do meio hídrico;
• Os ilícitos relativos a resíduos relativos a transferência de resíduos (art.º 278-A do Código Penal), no quadro geral e no quadro excecional da pandemia, e os relativos a deposição e demais operações com resíduos, na medida em que tenham dimensão organizacional ou sistémica ou impacto ambiental assinalável;
• Os ilícitos relativos a meixão, que deverão ser analisados na ótica da deteção da possível integração dos factos numa cadeia de tráfico da espécie, que envolva, nomeadamente, o contrabando qualificado e um substrato organizacional, e que motivem recuperação de ativos;
• Os ilícitos relativos ao tráfico de ovos, de aves e de outras espécies da fauna protegidas; relativos ao tráfico de madeira, designadamente, em aeroportos e portos marítimos; os ilícitos que envolvam o lobo ibérico e os que envolvam aves em meio selvagem;
• Os ilícitos que envolvam violação de normas em matéria de ordenamento do território e urbanismo.
• Os incêndios florestais.
• Os ilícitos contra o património cultural.

ii. Sempre que viável em face das respetivas condicionantes, e tendo em consideração a respetiva estrutura organizativa, os DIAP e Procuradorias da República de Comarca deverão atribuir os inquéritos relativos a crime ambiental mediante distribuição concentrada, designadamente numa mesma secção ou unidade funcional, sob o denominador comum da tutela penal dos interesses difusos, de modo a favorecer a especialização, a interlocução com as entidades ambientais, a criação de uma rede nacional do MP em matéria de ilícito ambiental, a eficácia da formação e o aumento da deteção do crime e do exercício da ação penal.
Para tanto, os Diretores dos DIAP Regionais e os Magistrados do Ministério Público Coordenadores das Procuradorias da República de Comarca deverão articular, nos termos das respetivas competências, com os Procuradores-Gerais Regionais.
iii. Considerando a especificidade dos ilícitos ambientais, na delegação da competência para a investigação, e sem prejuízo da competência de outras entidades e órgãos de polícia criminal, deverá ter-se em atenção que a Inspeção-Geral da Agricultura, do Mar, do Ambiente e do Ordenamento do Território (IGAMAOT), exerce «… funções próprias de órgão de polícia criminal relativamente aos crimes que se relacionem com o cumprimento da sua missão em matérias de incidência ambiental» (alínea g) do n.º 2 do artigo 2.º do DL n.º 23/2012, de 1 de fevereiro).
Estas funções deverão ser especialmente ponderadas nas investigações criminais em que a IGAMAOT surge como participante.
iv. Em sede de inquérito deverá ponderar-se:

• A conveniência de constituição de equipas ao abrigo do artigo 41.º do Regime Geral das Infrações Tributárias (RGIT) ou da alínea a) do nº 1 do artigo 18.º da Lei n.º 55/2020, de 27 de agosto;
• O exercício das competências do n.º 5 do artigo 70.º e da alínea b) do n.º 1 do artigo 71.º do Estatuto do Ministério Público;
• As virtualidades que podem decorrer do dever de cooperação previsto no n.º 1 do artigo 10.º da Lei de Organização da Investigação criminal.

v. As comunicações previstas no ponto vii da Instrução n.º 1/2019, de 20 de março de 2019, da Procuradora-Geral da República, passam a ser dirigidas, em conhecimento, para o endereço dcceicd@pgr.pt, mantendo-se o endereço da IGAMAOT (pco.impugnados@igamaot.gov.pt).
vi. Nos crimes de incêndio, sempre que dos factos seja dado conhecimento a órgão de polícia criminal diverso do que legalmente seja competente para a investigação, sem prejuízo dos atos cautelares necessários e urgentes que, nos termos da lei, devam ser praticados para assegurar os meios de prova, e de acordo com os mecanismos institucionalmente articulados e implementados para esse efeito entre os órgãos de polícia criminal, deverá ser dado escrupuloso cumprimento ao determinado na Lei 49/2008, de 27 de Agosto (Lei de Organização da Investigação Criminal), designadamente em matéria de comunicação e transmissão do processo ao órgão de polícia criminal competente e comunicação ao Ministério Público.
vii. Sem prejuízo do dever de cooperação previsto no n.º 1 do artigo 10.º da Lei de Organização e Investigação Criminal, os magistrados do Ministério Público deverão ponderar a necessidade de promover a cooperação entre os órgãos de polícia criminal envolvidos, através das formas consideradas adequadas, se tal se afigurar útil para o bom andamento da investigação (n.º 3 do artigo 5.º da Lei de Organização e Investigação Criminal).»